BAF在運行的過程中應注意以下問題。
    (1)預處理根據曝氣生物濾池的結構特點，應強化污水的預處理工藝，進水懸浮固體濃度不宜大于60mg/L，以避免堵塞濾頭或濾料層。濾池中采用的填料粒徑一般較小，如果進水的SS（可濾懸浮物）較高，會使濾池在很短的時間內達到設計水頭損失，導致頻繁的反沖洗。曝氣生物濾池的進水理論上不應含有漂浮物和大的懸浮物，故需加強預處理或者增加預曝氣以改善固體顆粒的沉降性能。由于曝氣生物濾池的反沖污泥具有較高的生物活性，還可以將其回流至預處理工藝，將污泥作為一種生物絮凝劑，利用其吸附和絮凝能力提高對SS的去除率。有時還在進入曝氣生物濾池的配水渠上設置精細格柵，柵隙為2mm（或更小）。進水懸浮物的濃度決定了曝氣生物濾池的工作周期，當懸浮物濃度過高時，工作周期會縮短到12h以內，而且還可能會影響出水水質。當懸浮物濃度較低時，運行效果會更好，工作周期長達7～10d。
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    (2)反沖洗參數的優化反沖洗的參數是否合理，對BAF的運行效果有著至關重要的影響。應選擇合適的反沖洗強度。根據現有的工程實例和實際運行中所取得的經驗數據，曝氣生物濾池的反沖洗強度建議在10-15L/(㎡?s)左右，水洗強度在8L/(㎡?s)左右，反沖洗歷時在20min以上。對于上向流曝氣生物濾池，截流的懸浮物大多處在配水區和下部濾料層中。由于上層濾料和清水區的阻擋，這些物質不容易從反洗水中排除。所以，應在反沖洗前快速放水，放掉濾料以上清水，然后再反沖洗，其反沖洗的效果會更佳。
    曝氣生物濾池的反沖洗過程中，短時間內的反沖洗強度較大，反沖洗的排水直接回流到初沉池會對初沉池造成較大的沖擊負荷，因而必要時需增設反沖洗緩沖池。
    (3)濾料濾料粒徑一般在2～8mm。為達到脫氮的目的，濾料層也可分成2個區域，下部為缺氧區，上部為好氧區。缺氧區選用的濾料粒徑要大一些，一般在5～8mm之間；好氧區在2～5mm為佳。如果是兩級BAF串聯，第一級應考慮足夠的納污能力，粒徑可取4～8mm，第二級取2～5mm為好。