水中的有機物如腐殖酸，富維酸等帶負電基團的線性大分子，它們能與強堿性陰離子交換樹脂發生交換反應。而且這些線性大分子一旦進入樹脂內部，其帶負電的基團與陰離子交換樹脂上帶正電的基團發生電性復合作用。這些線性大分子上通常帶有多個基團，能與樹脂的多處交換位置復合，致使它們蜷曲在樹脂內孔道空間。在再生時形成有機物的鈉鹽。由于分子體積增大，卡在樹脂微孔中不易洗脫。這種現象有些文獻稱為“瓶頸效應”。
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    另外，由于強酸性陽離子交換樹脂因機械破碎而形成的帶負電的膠狀物，也可以使陰離子交換樹脂受到污染。